一是法律依據不同：
稅務代理是依據《稅收征收管理法》開展業務的；代理記賬則是依據《會計法》、《代理記賬管理辦法》開展業務的。
二是業務范圍不同：
稅務代理人在其權限內，以納稅人(含扣繳義務人)的名義代為辦理納稅申報，申辦、變更、注銷稅務登記證，申請減免稅，設置保管賬簿憑證，進行稅務行政復議和訴訟等納稅事項的服務活動；而代理記賬是指受托對企業進行的會計核算、記賬、報稅等一系列的會計工作；
三是法律后果不同：
稅務代理行為是以納稅人（含扣繳義務人）的名義進行的，必須是具有法律意義的行為，稅務代理的法律后果直接歸屬于納稅人(含扣繳義務人）。而代理記賬則要承擔約定范圍內的法律責任。

首先，會計和報稅的效率是不同的。作為一般納稅人企業，其日常交易頻繁，票據憑證數量龐大。例如，企業聘請專職財務人員進行會計和稅務報銷，由于中小企業財務人員配備不齊全，因此，面對復雜的財務信息和數據，一般來說，會計和稅務報銷的效率相對較低。一般納稅人企業，如果選擇專業的會計機構進行會計核算和退稅，就不會出現這種情況。通常，專業的代理會計機構人員配備齊全，會計工作經驗豐富，使用專業的財務軟件進行會計核算和納稅申報，能夠有效地處理和解決企業的財務問題。以幫助企業高質量地完成會計和納稅申報工作。
其次，會計報表和納稅申報單的準確性不同。一般來說，納稅人和企業自己進行會計核算和納稅申報。由于會計人員個人精力有限，很難對會計賬目上的各種數據一一核對和比較。即使他們有時間檢查賬目，也很難發現自己財務工作中的錯誤，這很容易導致企業財務和稅務數據的錯誤。如果企業選擇一個專業機構委托會計和納稅申報表，因為該機構的金融服務團隊，可以進行多個審查企業的財務報表，從而確保會計處理的正確性和合法性的稅收計算的企業。同時，它可以正確評估隱藏企業會計中存在的問題，從而幫助企業準確完整會計和納稅申報單。