原因如下：
1、小公司低價引顧客，大公司高價賣服務和專業度：大公司由于企業發展實力比較強，知名度比較高，往往在價格上會比小公司高很多，代理注冊公司的資質和專業度不同小機構由于自身競爭力不夠，所以只有通過低價來吸引客戶。
2、代理注冊公司的宣傳手段不同；大公司之所以那么出名，很多把費用花在廣告宣傳上，小公司由于資金有限，很多代理公司都是用“低價”來招攬客戶，然后再放出套餐來綁定消費，所以選擇代理公司之前，最好事先詢問好個各種事宜，免得在公司注冊過程中生分歧，耽誤公司注冊時間。
3、代理公司收費是根據公司業務需要以及公司實際情況而定的；專業的代理公司是根據公司的業務需要而收費的，而不是所有的業務都是統一收費。
4、代理公司的收費標準不同：目前國家以及相關部門并沒有做強制規定，但由于市場不斷規范發展很多價格屬于透明化，如免費公司注冊，代理記賬一般200月一月，但是不同地區，納稅人不同，所以每家代理公司的收費都不一樣。