一是體系成員方有限。體系內的成員方主要是西方經濟發達體。像老撾、泰國等與我國貿易往來較為密切的“一帶一路”國家，目前還不是成員方，我國企業在這些國家進行商標注冊只能采取逐一國家注冊的方式。

二是可查詢的內容受限。目前世界知識產權組織國際局的商標注冊查詢系統只能查詢有國際注冊號的商標，不能拓展查詢各個成員方內部的商標數據庫，查詢結果可靠性不高。申請人對商標可能被駁回的風險不能進行預判。而申請人在逐一國家注冊時，可以通過查詢該國商標數據庫檢索申請商標是否已被注冊、是否構成相似，從而提前判斷商標申請的后期風險。

三是雙方溝通不便。馬德里商標國際注冊中申請人無法與各指定國商標管理部門進行任何地溝通，在一些商標申請的細節上可能存在因理解上的差異而被駁回，降低了申請的成功率。而在逐一注冊中，大部分國家會發審查意見書，有些國家還會要求會見申請人了解情況，提高了注冊成功率，對申請人非常有利。