高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定主管部門：科技、財政、稅務(wù)部門；其他相關(guān)部門：環(huán)保、質(zhì)量/安監(jiān)、審計等部門。
每個部門所審查的要點(diǎn)不同，如：科技部門會對企業(yè)技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域、專利權(quán)屬及專利時效確認(rèn)、主要產(chǎn)品（服務(wù)）收入占高新收入比例是否超過50％、申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比、申報材料各項(xiàng)指標(biāo)核對；
財政部門每年定期對承擔(dān)高企審計的事務(wù)所進(jìn)行底稿等風(fēng)險檢查，并抽選部分企業(yè)進(jìn)行延伸檢查、會計師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會自律檢查。
不同申請領(lǐng)域的高新技術(shù)企業(yè)會安排相關(guān)專家進(jìn)行評分，并且每個領(lǐng)域的通過率不同。