辦理建筑工程施工總承包三級資質要經過以下流程：

第一步，準備營業執照：申請資質前，建筑企業必須有營業執照。

第二步，根據申請的資質標準配備專業人員，同時要考取相應的證件：準備申請資質等級相應的技術人員資料一級建造師、二級建造師、高級工程師、工程師、九大員、技術工人等。
第三步，提出申請：辦理資質的企業要以法人名義向企業注冊所在地的區縣建設行政主管部門提出書面申請，區縣建設行政主管部門同意后，上報地、州、市建設局，地、州、市建設行政部門審查合格并簽署意見，報廳建筑管理處。
第四步，審核批準：市住房和城鄉建設局對申請裝修資質的企業進行審核，主要審核企業人員、企業資產、工程業績是否符合資質標準。
第五步，上報：申請資質的企業按照屬地管理的原則向所在區建筑業管理部門提交資質申請材料原件及復印件，區建筑業管理部門初審合格后報市建管處。
第六步，公示：建管處對資質申請材料進行審核，對屬于市級核準范圍的資質進行公示，公示完成后，無異議的予以核準并報省建管局備案。
第七步，領證：企業在資質核準后，到市住建局工程科辦理建造師注冊手續，待領取注冊建造師證書后，再領取資質證書。