高新技術企業(yè)認定主管部門：科技、財政、稅務部門；其他相關部門：環(huán)保、質量/安監(jiān)、審計等部門。
每個部門所審查的要點不同，如：科技部門會對企業(yè)技術領域是否屬于管理辦法或工作指引中的領域、專利權屬及專利時效確認、主要產(chǎn)品（服務）收入占高新收入比例是否超過50％、申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比、申報材料各項指標核對；
財政部門每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查、會計師事務所行業(yè)協(xié)會自律檢查。
不同申請領域的高新技術企業(yè)會安排相關專家進行評分，并且每個領域的通過率不同。