一般納稅人認定的程序是：

1、企業在申報期結束后，向稅務機關提交書面申請和相關資料申請一般納稅人認定。

2、主管稅務機關受理進行初審，通過后企業進行填寫《增值稅一般納稅人申請認定表》。

3、將上述表、證件、材料上報主管稅務機關審查核定。

一般納稅人的認定程序有以下步驟：
  ①提出申請報告。
  符合一般納稅人規定條件的納稅人，申請辦理一般納稅人認定手續時，應提出申請報告，并提供下列有關證件資料：營業執照及稅務登記證；有關合同、章程、協議書；辦稅人員名單及其證書；銀行賬號證明；上一年度生產經營情況和納稅情況綜合報告；上一年度資產負債表、利潤表；新開業企業的驗資證明；稅務機關要求提供的其他有關證件、資料。
  ②填報《增值稅一般納稅人申請認定表》。
  稅務機關對企業的申請報告和有關證件、資料經初步審核符合規定條件的，發給《增值稅一般納稅人申請認定表》，一式三份，由企業填寫并上報待批。《增值稅一般納稅人申請認定表》的內容與填制要求如下：
  企業基本情況。要求填寫申請時間、經營地址、電話、郵政編碼、經營范圍、經濟性質、開戶銀行賬號、職工人數等。
  納稅人年度納稅資料。要求填寫生產貨物的銷售額，加工、修理、修配的銷售額，應稅銷售額合計，固定資產規模等，以便稅務機關據以判斷企業是否超過小規模納稅人標準。
  會計核算狀況。要求填寫專業財務人員人數，設置賬簿種類，能否準確核算進項、銷項稅額等情況，以便稅務機關據以判斷企業會計核算是否健全。
  審批意見，由有關稅務部門填寫。
  ③稅務機關認定。
  負責審批的稅務機關審核認定企業為一般納稅人，即在企業《稅務登記證》副本首頁上加蓋“增值稅一般納稅人”確認專章。
  經稅務機關審核認定的一般納稅人，可按增值稅稅法規定計算應稅額，并使用增值稅專用發票。