一般納稅人代理記賬費用多主要是票據多，難處理 做帳的基本原始憑證就是各種各樣的發票，單據。一般納稅人的營業額對于小規模納稅人肯定是比較高的，設計的票據也比較多，代理公司每個月取得客戶的發票后要整理成專業會計憑證是一件不小的工作，還要將涉及到增值稅專用發票的進項票進行認證和抵扣，操作流程比較復雜。

報稅流程復雜 小規模納稅人的增值稅是按季度進行申報，一般納稅人是按月度進行申報，所以光是一個增值稅，申報次數就翻了四倍。并且，每次填寫的申報表數量也有很大的差距，小規模只要填寫增值稅申報表、申報表附列材料和免稅申報明細，一般納稅人要填寫增值稅申報表、附列資料表一、二、三、四、五、還有本期抵扣進項稅額結構明細表等等，大概十多個表！ 原因三、做帳要謹慎 客戶要及時提供每個月的銀行對賬單、工資明細、各種入賬單據等，所以一般納稅人在做帳上面的要求也會比較高，現在有進項票抵扣，所以很多公司都通過買專票進行虛假抵扣，所以稅局查的比較嚴格。